ปลาการ์ตูน จะพัฒนาเป็นตัวผู้ก่อนและเมื่อโตเต็มที่จะปรากฎเพศ ซึ่งปลารุ่นเดียวกัน ตัวใหญ่สุดจะเป็นเพศเมีย และโดยทั่วไปสังคมของปลาการ์ตูนจะมีเพียงเพศเมียที่โดดเด่นเพียงตัวเดียว และใหญที่สุดในฝูง ถูกล้อมไปด้วยปลาการ์ตูนตัวผู้ที่มีขนาดเล็กกว่า และมีสีสันสวยงามกว่าเพศเมีย ซึ่งการสืบพันธุ์ผ่านการปฏิสนธิภายนอก และสามารถวางไข่บนพื้นผิวเรียบใดก็ได้ สามารถวางไข่ 100-1,000 ฟองขึ้นอยู่กับอายุของเพศเมีย และพ่อแม่พันธุ์จะคอยดูแลไข่จนกว่าพวกมันจะฟักเป็นตัวในอีกประมาณ 5 ถึง 10 วันต่อมา และใช้เวลา 2-3 เดือนกว่าปลาจะโตเต็มที่ คู่ผสมพันธุ์เป็นปลาชนิดเดียวที่สามารถสืบพันธุ์ได้ หากคู่ผสมพันธุ์ตาย ปลาตัวต่อไปที่ใหญ่ที่สุดในกลุ่มจะเข้ามาแทนที่และเปลี่ยนเพศเป็นคู่ผสมพันธุ์ กระบวนการนี้เรียกว่าระบบสืบพันธุ์แบบข้ามเพศ